LeDock

LeDock是久友下载站小编极力推荐的一款分子对接工具。分子对接软件中的佼佼者 LeDock 。为了快速准确地将小分子对接成蛋白质而设计的。在Astex多样性集上，它实现了大于90%的位姿预测精度，并且对于药物样分子，每次运行大约需要3秒钟。它导致从高通量虚拟筛选运动中发现新的激酶抑制剂和溴代氨酶拮抗剂。它直接使用SybYLMOL2格式作为小分子的输入。Windows操作系统上的图形版本极大地简化了药物化学家的常见多重复杂的对接过程。

使用说明：

　　1. 抽取受体。

　　直接运行 LeDock.exe

　　结果可以发现，Lepro可以自动去除杂原子，并加氢，残基的名字也改为charmm的命名方式。Arg226在晶体结构中构象不确定，Lepro自动保存第一个；

　　2. 对接的盒子

　　Lepro还产生一个dock.in的对接配置文件：

　　输入文件包含以下信息：

　　//

　　Receptor

　　pro.pdb

　　RMSD

　　1.0

　　Binding pocket

　　xmin xmax

　　ymin ymax

　　zmin zmax

　　Number of binding poses

　　20

　　Ligands list

　　ligands.list

　　//

　　“Receptor”、“Binding pocket”、“Number of binding poses”和“Ligands list”是关键词，不可更改。

功能特点：

　　位姿预测的高精度

　　用户友好的虚拟筛选和点击细化

　　非常快