Beacon Designer8是一款非常好用的pcr引物设计软件。pcr引物设计工具中的佼佼者Beacon Designer8。软件提供了大量的设计，可以直接在软件中建立分析项目，可以在软件中建立核苷酸分析，可以在软件中建立NDA分析，支持DBSNP快速检索批量序列使用分析ID，提供BLAST搜索，集成BLAST搜索任何加载的爆发搜索序列，您还可以使用NCBI的独立WWW BLAST服务来搜索本地自定义数据库，支持信标和模板二级结构搜索，计算和查看折叠温度的可能的二次结构，在探头和底漆设计中避免这些结构，支持多个实验输出方案，支持Genbank，FastA和DBSNP格式输出，Genbank和Fasta格式文件可以包含多个序列，支持SNP加载，易于使用标准Genbank变体文件添加到单个序列添加SNP或加载数千个SNP，您也可以选择突变在HRMA模式下加载，支持所有类型的突变（插入，丢失，替换）到Opti Mize Design，支持电子表格中的输出，可用于任何电子表格程序（例如，MS Excel和Lotus123正在查看和操作结果，灵活的输出格式，以及输出文件的标签分频可以轻松加载到任何数据库中。
软件功能：
Beacon Designer在Sybr®Green，Taqman®，LNA，Taqman®，甲基，分子信标，NASBA®，Scorpions®，FRET和HRMA（高分辨率熔体）中设计核苷酸。通过避免爆炸搜索结果的自动解释，设计了高特异性引物。该程序通过避免模板二次结构来确保有效的杂交和高产。信标设计人员避免了外显子和外显子边界的设计引物的GDNA污染。通过解释Genbank标题注释来鉴定内含子和外显子区域。信标设计器评估预先设计的检测方法和设计的寡核苷酸以扩展设计。它还为单管多实验设计设计信标和Taqman®。 Beacon Designer提供以下主要功能：
1，信标设计
自动TM调节 - 自动选择适当的阀杆长度以实现最佳信标TM。
最佳信标 - 设计了一种不含二聚体，重复序列的分子信标，以增加信号强度。
等位基因鉴定 - 设计了一种用于检测野生和突变等位基因的分子标态。
多包络和引物 - 使用所有引物检查分子信标是否具有交叉同源性以防止多种反应竞争。
评估预设计信标 - 允许使用先前所设计的信标作为基本/信标以搜索其他目标进行多路复用。
TM计算 - 高精度发夹TM计算。
快速闪电 - 可以在秒内处理平均cDNA序列。
图表视图 - 显示设计烽火台的图表视图。
2，Taqman®探头设计
Taqman®探头 - 设计了最佳Taqman®探头，不含二聚体，重复序列和运行序列，以确保信号保真度。
Taqman®和引物多次 - 支持多个序列的多个序列，检查所有探针和引物的交叉同源性，预防多种反应的竞争。
预先设计的Taqman®探针和底漆 - 允许使用Sybr®GreenMastayMAIMAR使用最好的Taqman®探针。
算法 - 使用最近邻近热力学的高精度Santalucia计算TM。
图形视图 - 显示探测二级结构的图形视图。
3，MetharkightTaqman®探头设计
MetharkightTaqman®探头 - 最好的甲基宫探针，无二聚体，重复序列，并操作以检测亚硫酸氢盐链中的任何一个。
评估预先设计的MetharightTaqman®探针和引物 - 允许预先设计的底漆设计最好的Taqman®探头。
算法 - 使用高精度圣露天邻近热力学计算TM。
图形视图 - 显示探测器的二级结构的图形视图
4，LNA替换Taqman®探头
LNA替换Taqman®探头 - 设计小的长度，高TM最佳LNA替代Taqman®探头，无二聚体，重复序列，并确保信号保真度
多个LNA替换Taqman®探针和引物 - 支持多达四个序列的多分析，检查所有探针和引物的交叉同源性，从而防止多重反应竞争。
评估预先设计的LNA取代Taqman®探针和引物 - 允许使用Sybr®Green测定底漆设计的最佳LNA替代Taqman®探头。
算法 - 计算使用Raymond Peterson博士的TM，然后将其添加到最近的邻居值的Santalucia。
图形视图 - 显示探测二级结构的图形视图。
安装方法：
1.打开BD814Installer.exe直接启动软件，提示安装界面
2.查看软件上协议的内容，单击以接受
3，提示软件安装提示，单击“下一步”
4，软件安装地址C：\ Program Files（X86）\ Beacon Designer 8.14
5，提示软件安装计划，等待软件安装
6，提示软件安装结束界面，单击“完成”以结束安装
破解方法：
1.打开Patcher文件夹，将修补程序复制到软件安装地址
2，输入java -jar patcher.jar以加载命令界面上的补丁
3.启动主程序，您可以使用它。
如图4所示，灯塔设计师在设计引物时避免交叉同源，重复和低复杂的区域。它解释了爆炸搜索结果，以确定相关的交叉同源物
所选序列的y。您可以在交叉相同源窗口中查看相关的交叉同源，方法是选择“查看”>跨领域，或在BLAST信息选项卡中单击“按钮”。
5，反应条件
信标设计器是基于标准反应条件的最佳底漆。您可以通过选择工具>反应条件来查看和更改反应条件。
以下是默认的反应条件：
核酸浓度：Taqman®/ Beacon / FRET设计模式的默认值为250nm，而Sybr®Green和HRMA引物设计模式的默认值为100nm。核酸浓度是指在反应混合物如Rychlik中的退火寡核苷酸的浓度。 （核酸研究，第18卷，21）。因此，它是指SYBR绿色和HRMA化学试剂的浓度。对于基于探针的化学试剂，它是引导和探针的浓度。
6，添加用户定义
使用信标设计器，您可以将设计参数保存为模板。可以再次又一次地应用相同的模板，而无需填写每个分析的参数。它还提供添加/删除/编辑模板的功能，该模板可用于相同序列或同一项的任何其他序列。
要添加用户定义的参数模板：
1）转到工具>用户定义>添加。
2）启动“添加用户定义的参数”窗口。
指定名称和参数。单击“添加”。搜索模板将添加到模板列表中。
要删除用户定义的参数模板：
1）转到工具>用户定义>编辑/删除。
2）显示添加模板的列表。选择要删除的模板，然后按“删除”。添加的模板将被删除。
要编辑用户定义的参数模板：
1）转到工具>用户定义>编辑/删除模板。
2）选择要编辑的模板，然后按编辑。更改必要的参数并按更新。
7.默认项目：默认情况下，项目将保存在产品安装目录的BDProjects文件夹中（适用于Windows C：\ Program Files \ Beacon Designer \ BDProjects，以及Mac / Beacon \ Designer \ 7.5 / BDProjects）。您可以通过指定新文件夹更改此文件夹的默认位置。
文本
块选择器：
对于Mac：您可以使用自己的“文件选择器”对话框。可用选项是（1）OS和（2）自定义。
选择“操作系统”时，将显示本机MAC文件选择器对话框。
选择自定义时，您将显示作者定义的自定义文件选择器对话框。单击Demo以查看所有此项。
8，互联网设置
该程序通过代理服务器支持直接Internet连接和Internet连接。如果您的组织有代理防火墙，则程序可能需要在将您连接到Internet之前通过代理服务器。代理服务器充当Intranet和Internet之间的中介，用于从远程Web服务器检索文件。要将要与代理Internet连接一起使用的程序，请从“联机”菜单中选择Internet设置。您有两个选项使用代理服务器或自动配置脚本：
选择Proxy Server选项。
A.在地址下添加代理服务器的主机名或IP地址。
B.将代理服务器的端口号添加到“端口”。
C.单击“确定”以保存设置。
9，打开序列
可以直接从保存在Entrez，DBSNP或本地驱动器上的文件打开序列。
开放的entrez序列
信标设计器提供对Entrez的在线访问权限。使用此Web集成功能，您可以直接从Entrez检索序列。
1.从Entrez中选择件>打开>序列>，或单击工具栏中的按钮。输入登录号/ gi号码。
2.您可以一次打开多个序列。要打开多个序列，键入或粘贴逗号，选项卡或链接器分离的登录号/ gi列表。
例如，您可以键入以下登录号：AJ300450，Y13051，AB036365，然后单击“确定”。存款号或GI号码可以用逗号或标签分隔，或输入每行的数字。下载的序列将出现在序列信息表中。
软件特色：
1，FRET探头
FRET探头 - 设计不含二聚体，重复序列和运行序列的最佳FRET探针，以确保信号保真度。
多个凹痕探头和底漆 - 检查FRET P是否
ROBE与所有引物交叉杂交以防止多重反应。
评估预先设计的FRET探针和底漆 - 允许使用SYBR®绿色底漆设计最佳FRET探头。
算法 - 使用高精度的Santalucia邻居计算TM热力学。
图形视图 - 显示探测二级结构的图形视图。
2，scorpions®底漆设计
Scorpions®Miner - 设计最佳标准底漆，Scorpions®Primers，探头和Scorpions®，无二聚体，重复序列和运行序列，确保信号保真度。
等位基因识别 - 设计Scorpions®检测野生和突变等位基因。
MultiplexScorpions®和底漆 - 检查Scorpions®是否具有交叉同源性，所有引物都可以防止多个响应。
预先设计的Scorpions®LINERS - 允许预先设计探针/引物设计最佳底漆/探针和蝎子。
TM计算 - 高精度发夹TM计算。
图形视图 - 被设计的Scorpions®Primer的图形视图。
3，底漆设计
设计底漆 - Sybr®Green/ BeaCon /Taqman®/ FRET /Scorpions®/ HRMA应用优化底漆的设计。
算法 - 使用高精度的Santalucia邻近热力学计算底漆TM。
底漆水平 - 基于底漆效率排列底漆。根据底漆和二级结构的热力学性质筛选综合标准引物。
自动底漆多路复用 - 检查底漆池中的同源性，以减少底漆二聚体。
预先设计的底漆 - 允许先前设计的引物用于信标，Taqman®，FRET，HRMA和SYBR®绿色分析。
避免模板的二级结构 - 在设计引物时自动避免模板中的二级结构。
避免交叉同源 - 通过自动避免使用爆炸发现发现的同源性来确保信号保真度。
底漆扩增子和探针爆发 - 爆炸搜索引物，扩增子和探针以验证设计特异性。
信，Taqman®，FRET和HRMA化学试剂的SNP扩增旨在扩增SNP。 SYBR®Green引物的设计应使等位基因的核苷酸位于其中一个引物的3'端子底座。 HRMA分析可以设计用于扩增SNP和所有其他类型的突变，例如替代，缺少，插入等。
一致的条件 - 操作中的所有引物在相同的PCR反应条件下进行了优化。
4，爆炸搜索
择性cDNA扩增 - 通过在外显子/夸张和外显子的引物设计引物 - 内含子边界，以避免GDNA污染。通过解释Genbank标题注释来识别出外显子区域。您还可以手动指定它们。
BLAST搜索 - 爆炸搜索整个序列，设计引物和扩增子看起来特异性。
BLAST数据库 - 在独立的爆炸中搜索本地自定义数据库，或直接连接到NCBI服务器进行公共数据库。
制和低复杂性区域 - 在搜索NCBI可用的基因组数据库时，优化BLAST搜索参数以检测重复和低复杂性区域。
BLAST结果视图 - 在序列，底漆对，扩增子和探针上提供结果视图。
5，数据库和数据管理
设计模式 - Beacon和Taqman®是在不同的模块中设计的：允许在运行时进行模式切换。
项目 - 创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。
应用程序数据库 - 维护序列信息和搜索结果的本地数据库。
