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PyMOL 2.2.2官方正式版

PyMOL

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软件介绍

PyMOL是一款专业的三维分子模型软件。对于需要进行三维分子模型生成的设计师来说这款PyMOL是一个好用的辅助软件。软件旨在为您提供全面的分子可视化系统。使用其集成的光线跟踪图形技术,它可以渲染具有更平滑的表面边界,增强的阴影和反射的3D分子结构。PyMOL主界面非常直观,这使其甚至适合初学者。 PyMOL支持多种图像格式,包括PDB,SDF和电子密度图。渲染的图像和电影可以保存在会话文件中,您可以与其他人共享它们而不必担心对象布局的更改。通常,PyMOL为您提供用于生成和查看3D分子模型的完整解决方案。有需要的朋友可以立即下载!

安装方式:

1.下载并解压缩该软件,双击安装程序以进入PyMOL安装向导,然后单击[下一步]。

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2.阅读许可协议,然后单击[我同意]按钮以同意并继续进行下一个安装。

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3.选择安装类型,用户可以选择仅针对个人和计算机下的所有用户进行安装。

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4.选择安装位置。用户可以选择默认的C:\ Users \ CS \ PyMOL,也可以对其进行自定义。

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5.高级安装,您可以根据需要选择其他安装选项。

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6.开始安装,然后用户等待直到安装完成。

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7. PyMOL安装向导完成。

PyMOL

软件特色:

该应用程序随附用于创建分子动画和电影的所有必要工具。可以旋转相机以更改视角,内置的名为RigiMOL的动画工具包括一组功能,可以在不同结构之间生成分子形式。

自定义帧速率,自动插值,循环和光线跟踪成帧,图像帧缓冲以及慢动作模拟是此应用程序的其他优点。

生成可以将生成的PyMOL结构导出到VRML(虚拟现实标记语言),从而允许您使用第三方应用程序创建矢量图形或使用3D打印机创建打印模型。

PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据。您可以选择顺序模式,立体声模式,前视图,强调按键连接性的线条等。

该程序具有可自定义的颜色,结构化标签,可调整的对象透明度,输出和控件大小,自动缩放,文本覆盖以及可自定义的鼠标控件。内置向导可帮助您测量结构,将其配对,添加标签等。

凭借其先进的渲染功能和电影生成工具,PyMOL是显示复杂分子结构和生成实时3D演示文稿的必不可少的工具。

使用说明:

1.运行PyMO,然后进入软件主界面,如下所示。

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2.在编辑菜单中,提供了各种功能,例如撤消,重做,撤消/重做最大原子数和自动图像复制。

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3,在build列下提供了多种功能,例如反向(pk2)-(pk1)-(pk3),创建键(pk1)-(pk2),删除(pk1)。

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4.在“电影”列中,它提供诸如帧率,自动插值,循环帧,光线跟踪帧,高速缓存帧图像,清除图像高速缓存等功能。

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5.显示模式支持顺序模式,内部GUI,内部提示,内部反馈,立体声,立体声模式,缩放,色彩空间等。

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6.在设置下,提供了PDB文件加载,mmCIF文件加载,地图文件加载,新对象的自动缩放,显示文本(Esc),重叠文本和其他功能。

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7,场景栏下提供了附加,插入前,插入后,更新数据,删除等功能。

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8.在鼠标列中,

用户可以选择模式。

PyMOL

变更记录:

特征:

MAMAE导出具有基本样式(颜色,表示形式,标签)

具有组层次结构的MAE导出

核酸诱变指南

功能(仅奖励PyMOL):

具有属性的MAE导出

使用RDKit或$ SCHRODINGER后端进行立体化学(“立体”)标记(外部依赖项)

接口:

在对象菜单中分组:A>组> ...

更新从序列查看器更新二级结构:右键单击> ss> ...

Atom右键单击>“对象”>“禁用其他”

API:

每个链的Cmcmd.get_fastastr()

Cmd.get_fastastr()用于核酸

运行时(conda程序包):

Anaconda 5.0.0构建环境

适用于所有平台(Windows,Linux,macOS-64位)的Python 2.7和3.6

开源PyMOL更新:

将代码存储库移至github

从Inentive PyMOL移植的图形着色器和相关代码:

改进的标签:多行支持,背景色,连接器(各种label_ *设置)

支持背景图片(bg_image_filename)

订单无关的透明度(透明模式3)

修复stick_ball设置

修复了某些低端图形驱动程序的“行”崩溃

错误修复:

使用双通配符(A * B * C)选择

APBS插件:4位坐标处理(例如x> = 1000.0)

SDF导出:不要写零序债券

的立体声浮雕立体声在批处理模式下

All_states =状态之间的距离测量

软件功能:

借助此分子可视化系统,您可以在3D模式下对蛋白质,蛋白质的密度,轨迹和表面进行详细的分析

原生视网膜分辨率/ 4k显示支持

停靠/取消停靠并重新排列某些面板(生成器,反馈浏览器,音量编辑器)

支持触控板手势(放大/缩小,z旋转)

专用用于打开MAE文件,MTZ文件,地图和跟踪文件的特殊对话框

新的APBS插件面板

Pymolrc脚本编辑器,突出显示语法

属性编辑器

MPEG-4和GIF电影导出面板

Excel导出器插件(Windows和Mac)

通过从文件浏览器拖动到PyMOL窗口来打开文件

组合线/非粘结线和棒/线和甘草图别名的球形

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